Début Décembre, quasiment en catimini durant un weekend, la Haute autorité de santé rendait un avis mitigé concernant l’utilisation du test EasyCov utilisant la technologie LAMP pour permettre le suivi de la pandémie grâce au prélèvement salivaire.
Comment ce fait-il que ce test, qui a été mis au point au moment de la première vague et qui a reçu une première certification par une étude préliminaire en avril qui lui a permis d’être aujourd’hui utilisé dans de nombreux pays d’Europe (Belgique, Suisse) mais également certaines régions françaises (en évaluation) n’a pu recevoir qu’une autorisation limitée d’utilisation en décembre 2020 ? On ne reviendra pas sur le fait que les équipes de l’APHP qui devaient fournir les échantillons de patients qui auraient permis la certification de la technique dès juillet, ont traîné les pieds, ce qui avait valu à Martin Hirsch et certains PUPH de se faire remonter les bretelles par Olivier Véran le 22 juillet, sans pour autant que cela accélère le processus.
C’est donc à la faveur malheureuse de la reprise pandémique de début septembre que Alcen et le CNRS, en collaboration avec le CHU de Montpellier, ont pu obtenir le nombre de patients et d’échantillons nécessaires à l’étude finale. C’est donc sans l’aide de l’APHP que ce travail collaboratif a pu en moins de 3 mois conclure et présenter une étude finale dont nous nous sommes procuré des extraits.
L’un des avantages de la technique LAMP dont relève EASYCOV est que le prélèvement est simple : le test peut être réalisé en auto-prélèvement, ce qui libère un professionnel de santé et lui évite d’être exposé à un risque de contamination important lors du prélèvement nasopharyngé.
On aurait pu penser que l’HAS allait donner un accord puisque la spécificité du test par rapport à la technique PCR sur prélèvement salivaire était de 98-100%. Mais, contre toute attente, elle autorise l’utilisation uniquement quand le prélèvement nasopharyngé n’est pas possible ou difficilement réalisable. Comment est-il possible d’en arriver à de telles recommandations d’usage avec une spécificité de 98-100% et une sensibilité de 94% ? On rappellera que le CDC européen (eCDC) dans ses recommandations considère que les tests doivent avoir une sensibilité de >80% et une spécificité de >97%. Donc comment est-il possible que le test EasyCov qui répond aux recommandations de l’eCDC voit son utilisation limitée ?
Réponse courte : l’HAS a comparé des pommes à des oranges.
Regardons dans les détails
L’objectif principal était d’évaluer la performance d’un test de détection à base PCR isothermale LAMP réalisé sur échantillon salivaire dans le diagnostic d’une infection par SARS-CoV-2. Ci-dessous le diagramme de l’étude et la répartition des patients.
Les auteurs ont donc obtenu des prélèvements nasopharyngés ET salivaires de 443 patients (symptomatiques et asymptomatiques). La technique de qRT-PCR sur prélèvement nasopharyngé a été prise comme référence pour identifier les patients COVID+. Cependant on rappellera que s’il n’y a quasiment jamais de faux positifs avec cette technique, on estime que la difficulté du prélèvement peut générer ~20% de faux négatifs, alors que le prélèvement salivaire ne rate jamais.
Puis, pour évaluer la pertinence du prélèvement salivaire, les auteurs ont comparé la sensibilité et la spécificité de la LAMP vs. qRT-PCR sur échantillons salivaires pour la population globale et les sous-groupes en dépistage symptomatique et asymptomatique. Dans les cadres en bleu on peut facilement voir que la sensibilité varie entre 90.38 et 93.33% et la spécificité de 99.05 à 100% avec la qRT-PCR (encadré en bleu dans les trois populations de patients).
On est donc dans les critères de l’ECDC et la technique LAMP donne un résultat très performant, dans un temps bien plus court que la PCR, et avec un prélèvement pouvant être effectué par le patient lui-même !
Mais contre toute attente, l’HAS a trouvé plus pertinent de comparer « des pommes avec des oranges », et ainsi d’évaluer la pertinence de la LAMP sur prélèvement salivaire avec la qRT-PCR sur prélèvement nasopharyngé. C’est vouloir exiger d’un test salivaire simple, peu cher et plus facile à réaliser, d’être un peu moins sensible que le test de référence sur le prélèvement de référence bien plus cher, et demandant une organisation et des étapes de préparations bien plus importantes.
Par ailleurs, comme indiqué dans les cadre en orange, même sur la base de la comparaison avec le qRT-CPR NP, l’EasyCov respecte les recommandations de l’ECDC pour les tests de détection. Il n’y a donc aucune raison pour l’HAS de ne pas donner une autorisation complète qui permettrait de déployer massivement les tests EasyCov sur prélèvement salivaire afin de permettre une détection sur site: établissement scolaire, entreprise, EHPAD, établissement de santé, avec un coût inférieur à la qRT-PCR mais également au test antigénique, et une mise en œuvre bien plus simple.
Rappelons le cri d’alarme du Pr Pawlotsky: “6 des 9 tests antigéniques utilisés sont jugés peu fiables par son service de l’hôpital Henri Mondor”. A la différence des tests antigéniques, le test EasyCov a été utilisé dans cette étude dans un établissement hospitalier (CHU de Montpellier) en comparaison directe avec les techniques existantes.
Pour conclure, le test EasyCov et les autres tests salivaires n’ont pas pour objectif de concurrencer les test qRT-PCR, mais plutôt de venir en soutien, car ils sont simples à réaliser, peu chers et permettent également un auto-prélèvement : le patient prélève un peu de salive avec une pipette dans un tube et le dépose dans un centre de test EasyCov ou au sein du CE de son entreprise ou à l’entrée de l’EHPAD pour les soignants par exemple. Les test salivaires sont une solution de test itératifs ciblés et par auto-prélèvement et possibilité d’être déployé en dehors des centres de dépistages actuels. il faut amener le test dans les lieux et activités à risques, et non les personnes contaminées ou à risque dans un même lieu de testage. On rappellera que dans un Lander allemand, il y a une étude en cours auprès des professeurs pour qu’il réalise un auto-test à la maison avant de rejoindre leur lieu d’enseignement.
Les tests salivaires sont donc à intégrer à une stratégie globale de test, comme solution de test itératifs ciblés et à déployer dans les entreprises, les EHPAD et les établissements scolaires.
On espère qu’ Olivier Véran, qui semblait très intéressé par ce test demandera à la HAS de revoir sa copie au plus vite, en particulier pour un test validé en France, alors qu’aujourd’hui on apprend que des tests antigéniques dont la validation n’a pas nécessairement été réalisée en France sont montrés du doigt pour des problèmes de sensibilité. C’est également sans compter que les récents tests massifs qui ont peu connu de succès ont mis en lumière des problèmes de qualité du prélèvement nasopharyngé (personnel pas correctement formé).
Les tests salivaires doivent être intégrés à l’arsenal des tests afin de pouvoir faire face à la troisième vague qui nous attend en début d’année 2021.
Eric Billy pour le Collectif « Du Côté de la Science »