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Bulletin épidémiologique – Semaine 24

du 14 au 20 juin 2021

Nouveaux cas

A date de remontée
2 378 par jour (-40,3%)
16 646 hebdomadaire

A date de test (J-3 semaine glissante)
 2 620 par jour (-42,3%)
 18 341 hebdomadaire
Incidence J7 (J-3) 
nationale
27 (-42,3%)
région >50/100 000
Métropole : 0
Outre-mer : Guyane et Réunion
Décès (Hospi+EHPAD)

50 par jour (-11,9%)
+326 hebd. hospi (-15,8%)
+22 hebd. EHPAD (+175%)
Hospitalisations
Nouv. : +1 372 (-34,6%)
SR/SC/SI1 : +317 (-38,0%)
RAD2 : +2 943 (-20,2%)
Vaccination
1e dose : 31 981 541 (+5,6%)
Complète :18 189 852 (+16,8%
Population 1 dose3 : 47,7%
Population complète : 27,1%
  1. Ensemble des soins critiques : soins de réanimation (SR), surveillance continue (SC), soins intensifs (SI).
  2. Retours à domicile.
  3. Au moins 1 dose.

Résumé de la situation actuelle:

  • La plupart des indicateurs épidémiologiques continuent d’évoluer favorablement au niveau national, mais certains points d’attention émergent. Au 20/06, les hospitalisations en cours s’élèvent à 10 518 (-15,7% par rapport au 13/06). Les soins critiques en cours s’élèvent à 1 703 (-19,1% par rapport au 13/06). Le ralentissement des flux d’entrées à l’hôpital en général et en soins critiques en particulier pour Covid-19 est plus accentué que la semaine précédente.
  • 348 nouveaux décès ont été enregistrés durant la semaine. Le nombre de décès en EHPAD accuse une augmentation, tandis que les décès à l’hôpital continuent de décroître, mais deux fois moins rapidement que la semaine précédente.
  • Le niveau global de circulation virale détecté, mesuré par l’incidence, est désormais inférieur à 30. Il s’établit en semaine glissante au 17/06 à 27. Dans certains départements, l’incidence par niveaux scolaires est de nouveau orientée à la hausse pour la 2e semaine consécutive. Le taux de positivité descend à 1,0%.
  • Au 17/06, 2 départements ont une incidence sur 7 jours supérieure à 50, dont 1 supérieure à 100 (La Réunion) et 1 supérieure à 300 (Guyane). L’évolution de l’incidence est orientée à la baisse dans tous les départements de la métropole, mais est en hausse dans certains départements pour certaines tranches d’âges scolaires.
  • Au cours de la semaine, 1 710 110 personnes ont reçu au moins une première dose de vaccin. La primo-vaccination connaît un ralentissement significatif, avec un recul de -29,7% par rapport à la semaine précédente. 2 618 128 personnes ont été complètement vaccinées, soit 36,4% de plus que la semaine précédente.
  • Depuis le début de la vaccination, 47,7% de la population ont reçu au moins une dose et 27,1% ont été complètement vaccinés. 84,2% des 70 ans et plus ont reçu au moins une dose, 73,3% sont complètement vaccinés. 
  • Suite au changement de méthode de Santé Publique France (SPF) pour le suivi des variants du SARS-CoV-2, et la mise en place d’une méthode de criblage des mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R, la mise à jour des données a été interrompu le 06/06. Les données de suivi des mutations ne sont à ce jour par encore disponibles. Dans son dernier point épidémiologique hebdomadaire, SPF fait notamment état d’une augmentation du variant Delta dans les données de surveillance génomique, bien que toujours minoritaire pour l’heure. L’augmentation du variant Delta associée au ralentissement de la primo-vaccination, notamment chez les plus âgé·es, constitue un point de vigilance.

Evolution des indicateurs hospitaliers

Inférieur à 1 400, le nombre des nouvelles admissions hebdomadaires à l’hôpital est en baisse pour la 10e semaine consécutive, à un rythme rapide (-34,6%). A un peu plus de 300, les nouvelles admissions en soins critiques sont en baisse pour la 8e semaine consécutive, à un rythme également élevé (-38,0%). Les hospitalisations en cours continuent de régresser et s’élèvent à 10 518 le 20/06, soit approximativement le niveau de la 2e semaine de juin en 2020. Le niveau des soins critiques en cours continue de baisser également, à 1 703, soit le niveau du 21 mai 2020. Le nombre de soins critiques en cours rapporté au nombre d’hospitalisations en cours reste 2 fois supérieur à ce qu’il était la 2e semaine de juin 2020 (841 pour 10 836 hospitalisations au 14 juin 2020).
La baisse des hospitalisations en cours s’observe dans toutes les tranches d’âges, à un rythme plus rapide que la semaine précédente, à l’exception des 0-9 ans et des 90 ans et plus, où elles régressent plus lentement. En moyenne sur 7 jours, les 10-19 ans descendent sous le seuil des 60. Concernant les soins critiques en cours, ils continuent de reculer dans toutes les tranches d’âges à l’exception des 0-19 ans (10 vs 9 en moyenne sur 7 jours) et des 90 ans et plus où elles stagnent (10 vs 11). Les 20-29 ans descendent à 21.
Sur les 7 derniers jours disponibles au 17/06 (J-3), le nombre de personnes testées a continué à reculer, et s’est élevé à un peu plus d’1,8 million. Les 20-29 ans constituent la tranche d’âges la plus testée durant cette septaine, avec 287 000 tests, soit 15,8% des personnes testées. Un peu plus de 18 000 personnes ont été détectées positives au SARS-CoV-2, soit un taux de positivité de 1,0%. Ce dernier est en baisse dans toutes les tranches d’âges, et inférieur à 1% chez plusieurs d’entre elles (0-9 ans et 60 ans et plus). Le nombre moyen de cas positifs par jour sur 7 jours est désormais inférieur à 3 000.

Evolution de l’incidence

La baisse globale du nombre de personnes testées positives est similaire à la période de 7 jours précédente (-42% vs -40%). Cette baisse s’observe dans tous les départements de la métropole. Le nombre de cas positifs est en revanche en augmentation en Martinique et en Guyane. Le taux d’incidence national est désormais inférieur à 30, et s’établissait à 27 sur 7 jours glissants au 17/06. Elle est en baisse dans tous les départements de la métropole, et en hausse en Martinique, tout en restant encore peu élevée (24), et en Guyane, où elle atteint le niveau le plus élevé (310). Elle reste élevée à la Réunion (129), où elle a toutefois marqué une baisse (140 la septaine précédente).

En semaine 23 (dernière semaine disponible), l’incidence par niveaux scolaires suit l’évolution de l’incidence globale, et continue d’être orientée à la baisse dans toutes les tranches d’âges de 3 à 17 ans, avec des situations contrastées selon les départements. A l’exception des 3-5 ans, toutes les tranches d’âges par niveaux scolaires étaient supérieures à l’incidence toutes tranches d’âges confondues, qui s’élevait à 40 en semaine 23. Alors qu’au niveau national elle s’élevait à 19, l’incidence parmi les 3-5 ans était encore supérieure ou égale à 50 dans les Hautes-Pyrénées (en hausse à 50 vs 33), le Jura (en hausse à 50 vs 37), l’Yonne (en hausse à 57 vs 29) et l’Orne (stagnante à 62). Elle était descendue à 0 dans 25 départements, dont 3 en Outre-mer. Elle était en hausse pour la 2e semaine consécutive dans la Marne (36 vs 20 en semaine 21 et 26 en semaine 22). Chez les 6-10 ans, elle s’élevait à 45, et était supérieure à 60 dans 14 départements, dont un niveau à 159 à la Réunion. Elle était descendue à 0 dans 4 départements dont Mayotte, et en hausse dans 11 départements, dont 9 en métropole (Alpes-Maritimes 23, Drôme 31, Haute-Corse 31, Charente 32, Meuse 38, Marne 44, Puy-de-Dôme 49, Lot-et-Garonne 70, Territoire de Belfort 83).

L’incidence nationale parmi les 11-14 ans s’élevait à 63. Elle restait supérieure à 100 dans 11 départements, dont 2 en Outre-mer, où elle était la plus élevée (189 à la Réunion, et 181 en Guyane). Dans plusieurs de ces départements, elle était en augmentation par rapport à la semaine précédente, particulièrement dans la moitié sud de la métropole, comme dans le Gers (117 vs 94), le Lot-et-Garonne (103 vs 52), la Corrèze où elle augmentait pour la 2e semaine consécutive (143 vs 115 en semaine 22 et 67 en semaine 21) ou la Lozère où elle augmentait également pour la 2 semaine consécutive (113 vs 85 vs 28). Elle stagnait à 60 en Corse du Sud, tandis qu’elle était descendue à 0 dans 2 départements (Ariège et Indre). Concernant les 15-17 ans, l’incidence s’élevait à 69. Le Sud-Ouest concentrait une grande partie des incidences départementales les plus élevées, avec là aussi des hausses, pour la 2e semaine consécutive dans les Landes (215 vs 178 vs 171) et les Pyrénées Orientales (185 vs 165 vs 121). On observait également un niveau élevé et une hausse pour la 2e semaine consécutive en Corse-du-Sud : 134 vs 67 vs 22.

Evolution des variants

Compte tenu du changement de méthode en cours de suivi des variants du SARS-CoV-2 par Santé Publique France, les dernières données disponibles ont été arrêtées au 06/06 (voir bulletin de la semaine 23). La nouvelle méthode de criblage cible désormais des mutations spécifiques (E484K, E484Q, L452R), dont certaines sont communes à plusieurs variants. La mutation L452R est retrouvée notamment dans le variant Delta devenu prédominant au Royaume Uni et dans la région de Lisbonne au Portugal (le variant “indien” le plus préoccupant) et le variant Kappa (un autre variant “indien”).

Les données concernant le suivi des mutations ne sont pas encore en accès public. Dans son dernier point épidémiologique hebdomadaire (n° 68 du 17/06), Santé Publique France rapporte les données de criblage pour la semaine 23. Celles-ci portent sur seulement 37,5% des tests RT-PCR et antigéniques positifs, du fait de l’équipement progressif des laboratoires d’analyse médicale avec les nouveaux kits de criblage.
Parmi ces tests positifs, la mutation E484K a été retrouvée dans 18,8% des cas. La mutation E484Q a été retrouvée dans 0,6% des tests. La mutation L452R a été retrouvée dans 4,6% des tests.
Sur la base des données de criblage, le variant Delta ou une suspicion de ce variant ont été identifiés en diffusion communautaire dans les Landes, le Bas-Rhin, l’Île-de-France et en Provence-Alpes-Côte d’Azur. Dans d’autres régions, des foyers de contamination (clusters) ont été rapportés en Loire-Atlantique, dans la Somme et en Guadeloupe.
Par ailleurs, toujours selon le dernier point épidémiologique de Santé Publique France, la surveillance par séquençage génomique, dans le cadre de l’enquête Flash #10 du 25 mai 2021, a retrouvé le variant Delta dans 1,0% des séquences interprétables, contre 0,2% dans l’enquête Flash#9, soit une multiplication par 5.

Point de référence: 

Avec le nouveau système de criblage, un profile 484K+/484Q-/452R- correspondrait a un variant  Beta, Gamma ou Eta (variant US/NY), alors qu’un profile 484K-/484Q-/452R+ correspondrait a un variant Delta, Kappa (autre variant indien) et Epsilon (variant californien)

Evolution de la vaccination

Le nombre de personnes ayant reçu au moins une 1e dose lors de la semaine s’élève à 1,7 million, soit près de 30% de moins que la semaine précédente, après un premier recul d’environ 3% la semaine antérieure. Le rythme des primo-vaccinations s’est très fortement ralenti. Il n’a pratiquement pas augmenté chez les 80 ans et plus (+0,6 point), dont plus de 20% ne sont pas du tout vaccinés. Il augmente globalement le moins vite chez les 60 ans et au-delà. Il augmente en revanche le plus rapidement chez les 18-29 ans, pour lesquels l’accès à la vaccination est plus récent. Plus de 2,6 millions de personnes ont été complètement vaccinées, soit 36,4% de plus que la semaine précédente. Plus de 27% de la population sont désormais complètement vaccinés, tandis que près de 48% ont reçu au moins 1 dose.

Bulletin semaine 24Télécharger

Par David Simard, Eric Billy et Germain Forestier pour le Collectif