Les mesures de restriction des interactions sociales prises par l’exécutif semblent avoir porté leurs fruits, avec une inflexion relativement rapide d’une courbe des contaminations qui laissait présager le pire pour le système de santé. Mais, les yeux rivés sur ces marqueurs, ne nous laissons-nous pas aveugler au point d’en oublier leur fragilité ? Ne devrions-nous pas diversifier nos indicateurs pour traquer l’épidémie ? C’est la question que j’ai posée à Eric Billy, chercheur en immuno-oncologie, membre du collectif Du côté de la science.
«Ma femme est radiologue et elle a subi la première vague dans le Grand-Est en mars. Je me suis rapproché d’autres confrères dont le but n’était pas d’attirer la lumière sur les plateaux mais d’essayer de partager les informations que nous décryptions… Dès la mi-juillet, nous avons tenté d’alerter sur la possibilité d’une seconde vague, de mettre en garde contre un certain fatalisme des autorités et un relâchement des mesures barrières. Cette seconde vague n’est pas due au hasard, elle n’est pas survenue de manière fortuite, imprévisible. Confronté à une remontée des contaminations et au danger d’un pic épidémique plus fort encore que celui de mars, l’exécutif a pris à l’automne des mesures tardives qui ont permis de freiner les courbes des hospitalisations et des décès : couvre-feu régional puis généralisé, mise en place d’un second confinement et, probablement, bénéfice très important des vacances scolaires, ces dernières permettant de bloquer la diffusion du virus au sein de l’école accueillant douze millions d’enfants et adolescents. Nous avons ainsi collectivement évité une catastrophe, même si notre pays enregistre déjà en cette deuxième vague dix mille décès supplémentaires au compteur macabre du Covid.
«Cependant, bien que la baisse des cas positifs et des hospitalisations soit réelle, plusieurs éléments peuvent laisser craindre que les courbes actuelles soient faussement rassurantes. Depuis les vacances de la Toussaint (mi-octobre), il semble que notre pays ait perdu certains des indicateurs prédictifs et analytiques de la pandémie.
Dysfonctionnements
«Les tests antigéniques (TAG) ont été déployés précipitamment mi-octobre, alors que le système de remontée des résultats positifs n’a été mis en place que le 16 novembre. Alors que jusqu’ici, en cas de bug informatique, les cas positifs dépistés par PCR n’ayant pas fait l’objet d’une remontée en temps réel étaient réintégrés a posteriori, les tests antigéniques positifs réalisés pendant près d’un mois pourraient ne jamais être comptabilisés.
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«De plus, le système de remontée manuelle des TAG réalisés par médecins, pharmaciens et infirmiers dans leurs cabinets et officines semble connaître plusieurs dysfonctionnements et ne pas pouvoir être utilisés de manière efficace à l’heure où nous écrivons. Combien de tests ont-ils été réellement effectués ? Les tests réalisés dans les laboratoires médicaux sont remontés via le système SI-DEP. Les tests antigéniques ne sont annoncés que dans les bilans du jour de SPF (cas en «24h») mais viennent d’une autre source de données que SI-DEP et qui est en cours de déploiement sur le terrain : ContactCovid. Même si à terme, les tests antigéniques seront intégrés dans SI-DEP, et que l’on aura une distinction des deux indicateurs (PCR, TAG, PCR+TAG), ce n’est pas le cas aujourd’hui.
«Par ailleurs, le champ d’utilisation des tests antigéniques a changé au cours des dernières semaines et le public asymptomatique initialement exclu peut maintenant y avoir accès. Or quand le TAG est négatif, une personne symptomatique doit faire un test PCR ; mais du coup, en absence de communication entre les bases de données SI-DEP et ContactCovid, comment s’assurer du recoupage des résultats ?
Test salivaire
«Par ailleurs, la stratégie pourrait être optimisée. Qu’il s’agisse des tests PCR ou antigéniques, tous sont basés sur un prélèvement par écouvillonnage nasopharyngé présentant un risque de contamination accru pour le préleveur et requérant une certaine pratique pour assurer la qualité du prélèvement, alors qu’un test salivaire, plus facilement réalisable, a été développé en France mais reste toujours en attente de certification par la Haute Autorité de santé, alors qu’il est utilisé depuis des mois dans d’autres pays européens. Ce système de test trouverait parfaitement sa place dans les établissements scolaires, les Ehpad ou entreprises, permettant un test local et une isolation rapide des détections positives. Même si sa sensibilité est marginalement inférieure à la PCR, il détecterait les personnes contagieuses en un peu plus de trente minutes et permettrait leur isolement, faciliterait le traçage des cas contacts. Une étude récente a montré que la fréquence et l’obtention rapide des résultats des tests sont plus importantes que la sensibilité pour le contrôle de l’épidémie.
«Certaines personnes excessivement contagieuses doivent être détectées et isolées au plus vite, et pour elles, la sensibilité des PCR n’est pas nécessaire. Le déploiement massif des tests antigéniques chez les professionnels de santé et des tests par prélèvement salivaire dans le système éducatif, dans les Ehpad et les entreprises permettrait d’accompagner la décrue des cas enregistrés depuis plusieurs jours, puis de contrôler l’épidémie dans les semaines et mois à venir avant que débute la vaccination de masse. Dès que le taux de positivité sera tombé autour de 5% ou moins, on pourra s’appuyer sur les campagnes de tests PCR par pooling (associer plusieurs prélèvements dans un seul test) afin de pouvoir suivre jusqu’à dix fois plus de personnes avec le même nombre de tests : la France aurait alors la capacité de tester jusqu’à 10-15 millions de personnes par semaine. Au-delà des chiffres, il s’agit de la possibilité d’identifier le virus rapidement parmi un grand nombre de personnes et, en particulier, surveiller les lieux et activités à fort risque de contamination, afin de reprendre le contrôle et pouvoir appliquer le triptyque : tester, tracer, isoler.
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«Depuis le début de la seconde vague, on a également perdu le traçage et la capacité à suivre correctement l’épidémie. Le nombre de cas positifs est tel que seuls les clusters massifs sont étudiés. Seules les personnes en contact au cours des 24-48 dernières heures avec la personne testée positive sont, au mieux, définies cas contacts. Elles sont ainsi averties d’une potentielle contamination et de la nécessité de faire un test cinq à sept jours après la date du contact avec la personne positive (traçage prospectif).
Traçage rétrospectif
«On ne pratique toujours pas le traçage rétrospectif, qui consisterait à identifier avec le patient positif les circonstances possibles de son infection et à identifier plus précisément les lieux et activités à surveiller de près. On ne connaît que ceux détectés par cette méthode dans d’autres pays : restaurants, bars, salles de sport, boîtes de nuit. De même, on n’a pas proposé aux Français de noter sur un agenda les personnes qu’ils ont croisées pour une durée prolongée sans masque ni protection, ce qui permettrait a posteriori, en cas de contamination, de prévenir ces personnes.
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«Ce type de contact tracing fonctionne particulièrement bien lorsqu’il est couplé aux tests, le Japon et la Corée nous l’ont rappelé. Les autres pays d’Asie nous rappellent également la perte des gestes d’hygiène générale (antérieure à 2020). Ce n’est que récemment qu’Olivier Véran a demandé une étude à ce sujet. Nous pouvons conseiller en attendant les résultats de cette enquête de se concentrer sur les points chauds de la circulation du virus identifiés à l’étranger : établissements scolaires, entreprises, restauration scolaire et professionnelle.
«On pourrait aussi mesurer la présence du coronavirus dans les eaux usées, en particulier dans les grandes métropoles, en parallèle de l’assouplissement graduel des mesures de protection sanitaire. Au vu de la cinétique du virus, l’évolution de sa présence dans les eaux usées permettrait de mesurer le contrôle de l’épidémie.
«Enfin, le plateau qui se dessine concernant les cas hospitaliers pourrait également être en partie dû à l’autorisation de la prescription d’oxygène à domicile (risquée pour les patients à la phase initiale).
«Les vacances scolaires, les couvre-feux et le confinement ont contribué à maîtriser cette seconde vague, mais nous ne pouvons pas avancer avec une image biaisée de la réalité du fait de données manquantes. Nous ne retrouverons une activité économique et sociale normale qu’en nous basant sur des indicateurs fiables et diversifiés. Pour l’heure, même si la situation s’améliore, nous restons vulnérables. Comme un sous-marin sans sonar naviguant uniquement au périscope.»